Við upphaf heimastjórnar á Íslandi, 1. febrúar 1904, var ráðherra aðeins einn og fór hann með öll málefni einnig samgöngumál. Skrifstofur stjórnarráðsins voru þrjár og allar númeraðar og fór skrifstofa 2 með atvinnumál, samgöngumál og póstmál. Yfir hverri skrifstofu var skrifstofustjóri, en á milli þeirra og ráðherra starfaði landritari.
Almenningur kunni ekki við að nefna skrifstofur eftir númerum og í blaðinu Ingólfi, sem gefið var út í Reykjavík á þessum árum, segir m.a. í grein, sem birtist skömmu eftir að Stjórnarráðið tók til starfa: "Eflaust þykir almenningi óþægilegt, þegar hann þarf að tala um stjórnardeildirnar, að mega til að greina þær með 1., 2. og 3. deild o.s.frv., og hafa Reykvíkingar því skírt þær íslenskum bæjarnöfnum. "Skildinganes" kalla þeir, þar sem Eggert Briem ræður fyrir. "Sauðagerði", þar sem ræður Jón Magnússon. "Nauthóll", þar er Jón Hermannsson. [Sem fór með atvinnumál, samgöngumál og póstmál.] "Veðramót" nefna þeir skrifstofu Klemens Jónssonar. "Fótaskinn", þar sem dyravörður býr. Skrifstofu ráðherra kalla þeir "Undir-Felli".
Þessi skipan mála stóð þar til fyrsta ráðuneytið tók til starfa á Íslandi og með konungsúrskurði hinn 12. febrúar 1917 var ákveðið að deildir Stjórnarráðsins skyldu vera þrjár og ráðherra vera yfir hverri deild, en þær voru nefndar: Dóms- og kirkjumáladeild, atvinnu- og samgöngumáladeild og fjármáladeild. Jafnframt var embætti landritara lagt niður. Undir atvinnu- og samgöngumáladeild féllu samkvæmt úrskurðinum: Öll atvinnumál, svo sem fiskveiðar, landbúnaður, verslun, iðnaður og einkaréttarleyfi, bankar og sparisjóðir, samgöngumál öll, vegamál, póstmál, síma- og hraðskeytamál, dýralæknar, sveitarstjórnarmál, þjóðjarðir.
Með konungsúrskurði frá 9. desember 1921 er ákveðið að orðið "deild" skuli ekki notað, en í stað þess komi ráðuneyti og heita ráðuneytin þá: Dóms- og kirkjumálaráðuneyti, atvinnu- og samgöngumálaráðuneyti og fjármálaráðuneyti. Mikil þensla varð í vegamálum, iðnaðarmálum o.fl. málum á árunum milli heimsstyrjaldanna og á styrjaldarárum og hinn 1. júlí 1947 er atvinnu- og samgöngumálaráðuneyti skipt í tvö ráðuneyti, þannig að samgöngumálaráðuneytið fékk í sinn hlut öll samgöngumál á landi, sjó og í lofti, svo og iðnaðarmál. Þótt iðnaðarmálin kæmu þannig undir ráðuneytið frá upphafi skiptingar var þó nafn þess fyrstu árin eingöngu tengt við samgöngumálin. Í upphafi þessa tímabils frá 1947 var ráðuneytið eingöngu kallað samgöngumálaráðuneyti þó það færi einnig með iðnaðarmál en um eða upp úr 1956 mun hafa verið farið að nefna ráðuneytið samgöngu- og iðnaðarmálaráðuneyti.
Eftir því sem málefnum ráðuneyta fjölgaði á árunum milli heimsstyrjaldanna, á styrjaldarárunum og ekki síst að þeim loknum urðu störfin umfangsmeiri. Þá varð ljóst að fjölga þyrfti ráðuneytum og var það aðallega gert með þeim hætti, að ákveðnir málaflokkar voru teknir frá eldri ráðuneytunum þremur og ný ráðuneyti mynduð með þeim málaflokkum sem aðaluppistöðum. Á þennan hátt mynduðust 4 ný ráðuneyti fram til ársins 1947 og eru þau þá: Forsætis- og menntamálaráðuneyti, utanríkisráðuneyti, dóms- og kirkjumálaráðuneyti, atvinnumálaráðuneyti (sjávarútvegsmálaráðuneyti og landbún.ráðuneyti), samgöngu- og iðnaðarmálaráðuneyti, félagsmálaráðuneyti, fjármálaráðuneyti og viðskiptamálaráðuneyti.
Með lögum um Stjórnarráð Íslands, sem sett voru á Alþingi 1969 og reglugerð frá 31. desember sama ár, sem tók gildi 1. janúar 1970 var samgöngu- og iðnaðarráðuneyti skipt upp í tvö ráðuneyti og verður þá samgönguráðuneyti til. Með þessari reglugerð var orðhlutinn – mála – felldur úr heitum á nokkrum ráðuneytanna. Frá því að þessi reglugerð var sett hefur aðeins einn ráðherra farið með málefni hvers ráðuneytis, en oftast hefur samgönguráðherra farið með fleiri ráðuneyti.
Samkvæmt nýrri reglugerð um Stjórnarráð Íslands, nr. 177/2007, sem tók gildi í ársbyrjun 2008 fer samgönguráðuneyti með mál er varða:
- Vegi og vegagerð.
- Vita, hafnir, Hafnabótasjóð og sjóvarnargarða.
- Flug og flugvelli.
- Siglingar.
- Skipulag samgangna á landi, í lofti og á sjó.
- Rekstur flutningatækja á vegum ríkisins.
- Eftirlit með skipum, skipamælingum, skráningu skipa, lögskráningu sjómanna og atvinnuréttindi þeirra.
- Póst og síma svo og önnur fjarskipti.
- Sveitarstjórnarmál, þar á meðal stjórnsýslu og verkefni sveitarfélaga, tekjustofna og fjármál þeirra, sveitarstjórnarkosningar og mörk sveitarfélaga.
Ekki er gerð nein breyting á verkefnum ráðuneytisins fyrr en umhverfisráðuneytið er stofnað, en þá eru veðurstofa og landmælingar fluttar til hins nýja ráðuneytis.
Frá 1904 voru skrifstofur 1, 2 og 3 í Stjórnarráðinu. Skrifstofa 2 og atvinnu- og samgöngumáladeild, sem tók við af skrifstofu 2, síðar ráðuneyti, voru í Stjórnarráðshúsinu til vorsins 1943 en þá var ráðuneytið flutt í Arnarhvol. Í Arnarhvoli er atvinnu- og samgönguráðuneyti, síðar samgöngu- og iðnaðarráðuneyti og enn síðar samgönguráðuneyti til 1984 þegar það flytur í Hafnarhúsið við Tryggvagötu, þar sem það hefur verið síðan.
